Ngày 12/03/2018, Thủ tướng Chính phủ đã ban hành Quyết định số 15/2018/QĐ-TTg quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Tổng cục Môi trường trực thuộc Bộ Tài nguyên và Môi trường.
Tổng cục Môi trường là tổ chức trực thuộc Bộ Tài nguyên và Môi trường, thực hiện chức năng tham mưu, giúp Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường quản lý Nhà nước và tổ chức thực thi pháp luật về bảo vệ môi trường và đa dạng sinh học trong phạm vi cả nước; quản lý và tổ chức thực hiện các hoạt động dịch vụ công thuộc phạm vi quản lý Nhà nước của Tổng cục.
Tổng cục có tư cách pháp nhân, có con dấu hình Quốc huy, có tài khoản riêng; trụ sở tại TP. Hà Nội.
Tổng cục có 18 đơn vị trực thuộc, trong đó có Vụ Quản lý Chất thải; Vụ quản lý chất lượng môi trường; Cục Bảo tồn thiên nhiên và Đa dạng sinh học; Cục Bảo vệ môi trường miền Bắc; Cục Bảo vệ môi trường miền Trung và Tây Nguyên…
Lãnh đạo Tổng cục là Tổng cục trưởng và 04 Phó Tổng cục trưởng, do Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường bổ nhiệm, miễn nhiệm, cách chức.
Quyết định này có hiệu lực từ ngày 10/05/2018